home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ ftp.cs.arizona.edu / ftp.cs.arizona.edu.tar / ftp.cs.arizona.edu / icon / newsgrp / group94a.txt / 000113_icon-group-sender_Wed May 4 15:36 MST 1994.msg < prev    next >
Internet Message Format  |  1994-08-19  |  1KB
  1. Received: from cheltenham.cs.arizona.edu (cheltenham.CS.Arizona.EDU [192.12.69.60]) by owl.CS.Arizona.EDU (8.6.7/8.6.6) with SMTP id PAA08122 for <gmt@owl>; Wed, 4 May 1994 15:36:34 -0700
  2. Received: by cheltenham.cs.arizona.edu; Wed, 4 May 1994 15:35:18 MST
  3. Date: Wed, 4 May 94 15:18:09 CDT
  4. From: jeffery@ringer.cs.utsa.edu (Clinton L. Jeffery)
  5. Message-Id: <9405042018.AA01224@ringer.cs.utsa.edu.sunset>
  6. To: eschen@molbio.cbs.umn.edu
  7. Cc: icon-group@cs.arizona.edu
  8. In-Reply-To: "Art Eschenlauer"'s message of Wed, 4 May 94 13:47:52 CDT <9405041847.AA05442@molbio.cbs.umn.edu>
  9. Subject: pattern searching for molecular biology
  10. Status: R
  11. Errors-To: icon-group-errors@cs.arizona.edu
  12. Content-Type: text
  13. Content-Length: 731
  14.  
  15. I am sure there will be a lot of good suggestions in this group, so I'll
  16. limit myself to a couple quick thoughts.
  17.  
  18. First of all, you may find it runs faster and uses less memory if you allow
  19. the built-in functions and operators (such as match()) do as much of your
  20. work for you as possible, instead of peeling off characters one at a time
  21. and doing a procedure call and a suspension for every character.  By the
  22. way, s[1:2] is just a long-winded way of saying s[1].
  23.  
  24. Second, you may find it runs faster and uses less memory if you make more
  25. effective use of the data structures available to you--lists of strings,
  26. lists of lists, tables of tables--to encode some of what you are doing
  27. with the logic in all that handwritten code.
  28.